Malgré ses nombreux cours d’eau, Madagascar ne possède qu’un réseau de voies navigables irrégulier et de peu d’importance. « Si l’on excepte la partie maritime des estuaires de la côte Nord-ouest ainsi que quelques sections des Pangalana et du lac Alaotra, on ne peut guère faire circuler sur nos cours d’eau que des pirogues ou de petits chalands de 2 ou 3 tonnes» (chroniqueur anonyme de 1949).
L’irrégularité du régime des eaux ainsi que l’étiage prolongé en saison sèche et les crues violentes et subites en période des pluies ne permettent la navigation que pendant quelques mois de l’année. Ainsi, lors de la reconstruction du pont de la Betsiboka, quand il faut amener sur les chantiers au départ de Mahajanga quelque 1 500 tonnes de vivres et de matériaux, on n’en peut acheminer que quelques tonnes par le fleuve jusqu’aux environs immédiats de l’ouvrage. Et ce, malgré des essais répétés. Et en fait, le transport terrestre s’avère plus économique à cause des difficultés de la navigation.
Un autre exemple touche l’exploitation des charbonnages de la Sakoa. En attendant les camions et l’établissement d’une voie ferrée, on essaie d’amener le charbon à la mer en utilisant le fleuve Onilahy, mais on ne peut utiliser que des pirogues transportant au maximum 1 500 kg avec un équipage de deux hommes. Et compte tenu des étiages et des crues, le voyage dure en moyenne un mois et « il fallait une flottille de plus de 200 pirogues annuelles ». En outre, les pirogues repartent toujours à vide. Enfin, la mouille toujours à craindre et les nombreux transbordements à effectuer nuisent à tel point à la qualité du charbon qu’il faut absolument renoncer à ce mode de transport.
Quoiqu’il en soit, la Betsiboka reste le fleuve le plus important de l’île. Elle se décompose en cinq parties du point de vue navigabilité.
Le fleuve descend des Hauts-plateaux à travers des défilés encombrés de rapides. En saison des pluies, les crues peuvent atteindre 5 à 6 m et par suite du ravinement et de l’écroulement des berges, il entraîne des quantités de débris, roches et arbres. Cours supérieur non navigable !
Arrivée à Marololo, la Betsiboka devient un fleuve de plaine à largeur parfois démesurée, tandis que la profondeur reste faible, le lit encombré d’alluvions, galets et sable, le chenal changeant de place d’un jour à l’autre. « On a vu le confluent de l’Ikopa et de la Betsiboka se déplacer de plusieurs kilomètres en amont et en aval de Marololo ». Navigation dangereuse !
À partir de Madirovalo, la marée se fait sentir. Cours navigable aux chaloupes en toutes saisons !
Vers Boeni-Mahabo, commence un delta intérieur de l’estuaire. Il s’agit alors d’un plateau de hauts-fonds et d’îles marécageuses en formation, couvertes de palétuviers et sillonnées d’innombrables canaux et chenaux. Ce delta se termine à la hauteur de la presqu’île d’Amboanio.
Enfin près de la mer, l’estuaire est souvent peu sûr pour les bateaux de rivière. « Les apports de sable ont formé de grands bancs qui rendent dangereux les atterrages de Majunga et ne permettent l’accès du port aux gros navires que par trois passes dont les fonds, surtout ceux du chenal, sont sujets à des variations ».
La Compagnie occidentale de Madagascar assure alors le service de la Betsiboka au moyen « d’anciennes canonnières à roues de la marine, de 100 KW ». Elles remontent de novembre à avril jusqu’à Maevatanàna; en avril, le terminus recule à Ambato-Boeni et en août à Madirovalo. Pendant quelques années, ce service est remplacé par celui d’hydroglisseurs à moteur de 450 CV.
La création de la route Maevatanàna-Mahajanga supprimera le transport fluvial des voyageurs et du service postal.

Extrait l’Express de Madagascar – Edition n° 4538 du 12-02-2010